回答お願い致します。
中型サイズになる10ヶ月のシェルティです。

サークルで飼っているのですが、脱走を覚えてすぐに飛び越えて脱走します。手作りの屋根を付けたのですが、押し上げて飛び出したり、トイレ掃除の際に屋根を上げると飛び出してしまいます。
それとトイレトレーを破壊する事もあり、居住スペースとトイレスペースにドアを付けて仕切りをしています。

脱走対策として、ケージ飼いにしようと思っているのですが、ケージの中にトイレトレーを置くと間違いなく破壊されてしまいます。
ケージとトイレは別で配置でも大丈夫でしょうか？
留守番は6時間程で、留守中のトイレは我慢しています。最近は脱走を心配して、クレートの中で留守番させています。

留守番はクレート。
在宅中でも基本はケージ。
適度にケージ外に出して遊びとトイレ。

こんな感じで大丈夫でしょうか？
ケージは少し狭い方が良いとありますが、クレート、ケージでの狭い場所での時間が長くなりどうかなと思っているのですが、大丈夫でしょうか？
イタズラが盛んで、ケージ外に長時間出しておくのは難しいです。

よろしくお願い致します。

屋外飼育はどうでしょうか？
リードをつければ脱走対策になりますし長めのリードで可動域を広くすればストレス対策になります。
あとは庭の広さや経済面にもよりますが屋根や囲い　脱走防止フェンス　寝床としてつかう小さめの犬小屋　ホットカーペット　エアコン　断熱材なども取り付ければ暑さ寒さもある程度防げると思います

シェルティは牧羊犬なので朝夕の散歩で運動の時間を確保しておくと、2歳前後にはある程度落ち着くかなぁとも思うので、将来的にはフリーに近い状態を目標として、当面クレートやケージを利用すると良いかな、と思います。
精神的に落ち着き、運動が足りていれば問題行動はかなり減ると思います。
3歳過ぎると結構落ち着いてきて、少し寂しい時もあります(犬にもよるけど)
現段階まだパピーなので、お留守の間のクレートは仕方ないかな。。
あとは飼い主側も、誤飲に繋がる物は徹底しておかない様に注意する。
小さいお子さんがいるとよく聞くのが「子供用の靴下の誤飲」です。取ろうとすると飲み込んでしまうので、コマンドで「交換」を教えると「渡すと良い事がある」と学習するので、誤飲の可能性はぐっと減ります。
うちの場合はオヤツ欲しくなるとわざわざなんか拾ったりします。
リモコンとか絶対返してほしい物の時は、しょぼいオヤツだと「それじゃない」って顔で2メートルくらい離れた場所にスタンバイしてますw
また、鼻を使うと脳が疲れるそうなので、ノーズワークマットを使うと良いと思います。
まだ使っていないなら、ネットで可愛い物が色々あるので検索してみてください。

成長と共に脱走する必要のない事を理解すると、留守番の時も同じ場所で寝てるようになると思います。

行動制限しつつ、将来的に楽になる様に、工夫していくと良いと思います。
クリッカーや指の動きを使って教えると声よりも効果がある場合もあります。

トイレはできれば、寝るところと離したほうがいいそうです。
クレートの入口から対角線上の離れた場所が良いと聞きました。